盐城市妇幼保健院儿童保健科成立于2003年，是国家级婴幼儿养育照护指导中心、江苏省首批儿童早期发展基地、江苏省儿童心理行为障碍诊疗中心网络成员单位、盐城市托育服务指导中心、盐城市儿童孤独症筛查管理中心、盐城市残联定点康复机构。

儿童保健科设有健康体检、高危儿管理、儿童营养、心理行为、儿童康复、托幼托育管理、中医儿保、早期发展等亚专业，为健康儿童提供体检及早期发展促进服务；为孤独症、多动症、语言障碍、智力障碍、脑瘫等神经发育障碍儿童提供评估诊断及康复治疗服务；为肥胖等营养问题儿童提供膳食营养计算及营养指导服务；提供中医体质辨识、推拿、中药浴等中医特色服务;在全市率先开展多动-学习困难门诊、肥胖专病门诊等特色门诊服务。

儿童保健科共有工作人员34人，其中高级职称专家7人，盐城市医学重点人才1人。具备经颅磁治疗仪，脑循环治疗仪，天轨系统等大型康复治疗仪器，引进超早期干预PCBI、早期丹佛EMDS、地板时光DIR等先进康复治疗方法。