盐城市妇幼保健院小儿外科成立于1996年，是盐城市小儿腹腔镜技术创新团队，全省12家先天结构畸形救助项目定点医疗机构之一，现为南京儿童医院儿外科整体托管，科研及医疗技术与南京儿童医院同步，并建立双向转诊通道。2023年10月、2024年1月与南京医科大学附属儿童医院协作，成立“唐维兵教授工作室”、“莫绪明教授工作室”、“郭云飞教授工作室”。科室设有小儿普外科、小儿泌尿外科、小儿胸心外科、小儿骨科4个亚专业，其中，小儿胸心外科是江苏省新生儿先天性心脏病筛查、诊断、治疗定点医疗机构。常规开展体外循环下正中切口室间隔缺损、房间隔缺损修补术，腋下切口房间隔缺损修补术，微创小切口室间隔缺损、房间隔缺损封堵术,动脉导管未闭结扎术等。2021年10月22日首次开展了体外循环辅助下先心直视手术，完成了我院先心外科治疗的突破。科室设有小儿微创治疗中心，其中，小儿腹腔镜创新团队可治疗先天性消化道畸形、梅克尔憩室、胆总管囊肿、阑尾炎、肠套叠、巨结肠、高位隐睾、肾积水、肿瘤等。小儿微创疝治疗中心采用单孔钩针腔镜疝治疗，术后腹部基本无痕，同时可发现隐匿疝及腹腔隐匿疾病。